ארגון טרור אסלאמי פונדמנטליסטי, שצמח מתוך "הג'האד האסלאמי" במצרים – ענף רדיקאלי של "האחים המוסלמים", שחתר להקמת "חליפות אסלאמית" באמצעות מאבק אלים ("ג'האד") אקטיבי. בהשפעת הענף המצרי הוקם בעזה, בשנת 1981, "הג'האד האסלאמי בפלסטין", המשלב אידיאולוגיה לאומית קיצונית עם התפיסות האסלאמיות: השמדת מדינת ישראל והחלפתה במדינה פלסטינית אסלאמית, שתוקם על כל שטחי פלסטין. על-פי תפיסותיו של הארגון, "שחרור פלסטין" הוא הצעד הראשון "לגאולת האסלאם", והדרך להשיג זאת – באמצעות "ג'האד" ופעילות טרור בלתי מתפשרת נגד ישראל.

בראש הפלג הפלסטיני, שהוקם ברצועה, עמד ד"ר פתחי שקאקי, שנחשב למייסד הארגון, ולאחר שנהרג במלטה (אוקטובר 1995 ) החליף אותו רמד'אן שלח. שקאקי, והשיח' עבד אלעזיז עודה, שנחשב גם הוא ממייסדי הארגון (שניהם היו סטודנטים במצרים, שהושפעו מתפיסות "הג'האד האסלאמי המצרי" ומהמהפכה האסלאמית באיראן, 1979), גורשו מרצועת עזה ללבנון בשנת 1988, לאחר סדרת פיגועי טרור קשים שביצעו פעילי הארגון, ומאז ממוקמת מפקדת הארגון בסוריה.

בדמשק זוכה הנהגת הארגון לחופש פעולה רחב מצד שליטיה, וכן לתמיכה רחבה מצד איראן, המעניקה לארגון סיוע כספי ומבצעי. בפועל, משמש ה-גא"פ ככלי מרכזי בידי איראן לקידום המאבק נגד ישראל, ולהרחבת השפעתה על סדר היום הפלסטיני.

"הג'האד האסלאמי הפלסטיני" היה, במהלך שנות ה-80 של המאה ה-20, ארגון הטרור הפעיל ביותר שביצע פיגועים קשים ביעדים ישראליים. לאחר חתימת "הסכמי אוסלו", להם מתנגד הארגון בנחרצות, אמצו פעיליו את מתווה פיגועי ההתאבדות וביצעו מספר פיגועים קשים בתחומי ישראל. במהלך ההתקוממות השנייה (החל מספטמבר 2000) בלטו פעילי הארגון, במיוחד מאזור השומרון, בביצוע שורת פיגועי התאבדות ותופת, בהם נהרגו עשרות ישראלים ונפצעו מאות.

בעקבות פעולות הסיכול של ישראל ב-איו"ש, והקמת "מרחב החיץ" באזור השומרון, פחת מספר הפיגועים שהצליחו פעילי הארגון לבצע, ובשנים האחרונות – הגם שהארגון ממשיך במאמציו לביצוע פיגועי התאבדות בישראל – מתמקדים פעיליו, בעיקר ברצועה, בביצוע ירי תלול מסלול (רקטות ופצצות מרגמה) לעבר ישראל, כולל ירי של רקטות תקניות מסוג "גראד" לעבר אשקלון. זאת, לצד פיגועי ירי ומטען ואף מעורבות בפיגוע ההתאבדות באילת (29 ינואר 2007).

ל"ג'האד האסלאמי הפלסטיני" מערך של תשתית אזרחית, המפעיל מוסדות חינוך, תרבות, חברה ודת, ומבוסס על אגדות צדקה הכפופים לו. בפועל, מהווה תשתית זו "מעטפת סיוע" תומך לפעילות הטרור של הארגון, קרי – סיוע למשפחות הרוגים, פצועים ואסירים, וכן מאתר לגיוס פעילים, והיא האמצעי המרכזי להשגת מטרות הארגון.