שם כיסוי שנוצר בתחילת ההתקוממות השנייה (החל משלהי ספטמבר 2000) לציון תשתיות הטרור המזוהות עם פת"ח. שם זה שימש בעיקר בנטילות אחריות על פיגועים שביצעו פעילי "התנט'ים" – גוף השטח של פת"ח. השימוש בשם נועד לזהות את המשתמשים בו עם "התנט'ים", אך מבלי לסבך את התנועה בזירה הבינלאומית, שלא ראתה בעין טובה את מעורבות פעילי פת"ח בפיגועי טרור. בנטילות האחריות לפיגועים שביצעו הוסיפו חוליות רבות שם נוסף לשם "גדודי חללי אלאקצא", כדי לייחדם. בין השמות הנפוצים פלג אימן ג'ודה, גדודי ג'האד עמארין, צבא המאמינים בראשות עצאם בטש.. ועוד. "גדודי חללי אלאקצא" אינם גוף ממוסד (זרוע צבאית), אלא שורת חוליות טרור עצמאיות ברובן, שמשמרות זיקה מסוימת ל-פת"ח. זיקה זו הלכה והתרופפה, ככל שהתקדמה האינתיפאדה, וככל שגבר הנתק בין ראשי התנועה לפעיליה בשטח, כתוצאה מהתפוררות המסגרות הממוסדות של "התנט'ים" ושיתוקן. המאיץ לתהליך זה, היה, בין היתר, מעצרים וסיכולים של שורות הפיקוד הראשונות של "התנט'ים", שפעיליו היו, בתחילת האינתיפאדה, גורם הטרור הפעיל ביותר. בשטח נותרו חוליות טרור מקומיות עצמאיות, שצרפו לשורותיהם פעילים חדשים, ללא שיוך ארגוני או אף מקרב פעילי הפלגים הפלסטיניים האחרים, וקיבלו את חסותם ומימונם של גורמי הפעלת טרור מ-חו"ל, בעיקר "חזבאללה" מלבנון. החוליות העצמאיות של "גדודי חללי אלאקצא", לא רק שפעלו בשיתוף פעולה עם גורמי טרור, פלסטיניים ואחרים, אלא הם אף אימצו שיטות פעולה, וביניהם את מתווה פיגועי ההתאבדות, שהיו בתחילה נחלתם של ארגוני הטרור האסלאמיים. כך הצטרפו פעילי "הגדודים" למעגל מבצעי פיגועי הרג המוני בתחומי ישראל, חלקם באופן עצמאי ובחלקם תוך שיתוף פעולה עם ארגונים כגון "הג'האד האסלאמי הפלסטיני", או אף חמא"ס. במהלך ההתקוממות השנייה עשתה הנהגת "הרשות"/פת"ח מספר ניסיונות לכפות את מרותה על פעילי "הגדודים", שרבים מהם היו פעילים של מנגנוני הביטחון הפלסטיניים. הניסיונות "להכילם", לרסנם ולהוצאתם ממעגל מבצעי הטרור, צלחו באופן חלקי. יוזכר, "הסדר המבוקשים", שבעקבות יישומו (מאמצע 2008) יצאו מאות פעילים ממעגל הטרור לאחר שהתחייבו לחדול מכל עיסוק בטרור ולהסגיר את נשקם לידי המנגנונים, בתמורה להימנעות ישראל מנקיטת מהלכים מולם. לצד זאת, מרבית חוליות הטרור של "גדודי חללי אלאקצא", שממשיכות את פעילותן גם בתקופה זו, הם הגורמים שמוכוונים ומממומנים בידי גורמי טרור חיצוניים, שהאינטרס שלהם הוא שלא להפסיק את פעילות הטרור נגד ישראל.