ארגון טרור הפועל ברצועה, ומהווה "מסגרת גג" לחוליות טרור מארגונים שונים. ראשיתו בוועדות הגנה מקומיות, שהתארגנו בתחילת ההתקוממות השנייה (מספטמבר 2000) להגנה על התושבים מפני אפשרות של פלישה ישראלית לערים הפלסטיניות המרכזיות. בעיר רפיח עמד ג'מאל אבו סמהדאנה, פעיל שטח בכיר של פת"ח (ובעברו פעיל של "הג'האד האסלאמי הפלסטיני") בראש ועדות ההגנה ופעל להפיכתן למיליציה לוחמת, אותה כינה "ועדות ההתנגדות העממית".
בתחילת 2001 הודיע אבו סמהדאנה על פרישתו מ-פת"ח, נוכח הקו המתון מדי כלפי ישראל, ובמקביל פעל לחבר את "ועדות ההתנגדות העממית" לגורמי הפעלת טרור בלבנון, לרבות "חזבאללה" ואיראן, מהם קיבל מימון לפעילות הטרור של ארגונו.
הצלחות שרשמו לזכותם פעילי "הוועדות" בפיגועי מטעני גחון, שביצעו נגד כוחות ישראליים בדרום רצועת עזה משכו אליהן פעילים מהפלגים הפלסטיניים האחרים, ובכלל זאת מ-חמא"ס, ומ"הג'האד האסלאמי הפלסטיני". שורות הארגון התמלאו, ובהדרגה הורחבה פעילות "הוועדות" לאזורים נוספים ברצועה, מלבד אזור רפיח, כגון מרכז הרצועה וצפונה. אבו סמהדאנה ניסה להרחיב את פעילות "ועדות ההתנגדות העממית" גם תחום איו"ש, אך לא השיג בתחום זה הצלחה רבה.
במהלך השנים, ובמיוחד לאחר מותו של אבו סמהדאנה (יוני 2006) התפצל הארגון למספר פלגים, אשר חלקם פרשו ממנו והפכו למסגרות עצמאיות דוגמת "צבא האסלאם", שפעיליו היו  מעורבים בפיגוע סמוך לכרם שלום (יוני 2006), במהלכו נחטף החייל הישראלי גלעד שליט לרצועה.
כיום קיימים שני פלגים יריבים של "ועדות ההתנגדות העממית", הפועלים תחת שם זה. הפלג המרכזי (הדרומי), שהוא הגדול יותר מבחינת מספר פעיליו והיקף הטרור שהוא מבצע; והפלג הצפוני, שהוא הקטן יותר. הפלג הצפוני, בראשותו של זכריא דע'מוש, מקיים תלות מוחלטת     ב-חמא"ס ופועל בהנחייתה ובמימונה.  
במהלך ההתקוממות השנייה בלטו פעילי "ועדות ההתנגדות העממית" בביצוע פיגועי מטען רבי עוצמה נגד טנקים ישראליים ברצועת עזה, וכן לקחו חלק בביצוע ירי תלול מסלול (רקטות ופצצות מרגמה) לעבר ישראל. "פעילי "הוועדות" אף שיתפו פעולה עם פעילים מהפלגים הפלסטיניים האחרים לביצוע פיגועי טרור רב-ארגוניים נגד ישראל.