ארגון "שבאב אלאקצא" מוכרז כארגון טרור בישראל. פעילי הארגון מזדהים עם תנועת החמאס, ופועלים להדרת רגלי המבקרים מהר הבית, בין היתר באמצעות התפרעויות אלימות, שגרמו בשנים האחרונות לפצועים מקרב כוחות הבטחון. פעילותו של ארגון "שבאב אלאקצא" אף שימשה כזרז להתפשטות אירועי טרור רצחניים באיו"ש ובירושלים.
יצויין כי באוקטובר 2016 נרצחו שוטר ואזרחית בפיגוע ירי שבוצע על ידי אחד מראשי הארגון, מצבאח אבו צביח, בסמוך לגבעת התחמושת.
החקירה בשב"כ הביאה למעצרו של מחמוד עבד אל והאב סעיד עבד אל לטיף, תושב העיר העתיקה ופעיל בכיר בארגון, בחשד לגיוס פעילים וצירופם לפעילות בארגון.
מעצרם לחקירה של פעילי הארגון התאפשר בעקבות פעילות מודיעינית ומבצעית מאומצת של שירות הביטחון הכללי ומשטרת ישראל/מחוז ירושלים, שנועדה להבטיח את הגישה החופשית להר הבית, לשמר את הסטטוס קוו במתחם, וכן למנוע מגורמי הטרור לערער את המצב הביטחוני במתחם.
פרקליטות מחוז ירושלים הגישה כתבי אישום נגד חמישה מבין פעילי הארגון, בעבירות לפי חוק המאבק בטרור, לצד בקשה למעצרם עד תום ההליכים המשפטיים בעניינם.
חלק מכתבי האישום ויתר פרטי הפרשה עדיין מצויים תחת צו איסור פרסום.